Упродовж двох століть Бабин Яр із прилеглими кладовищами був поліетнічним і багатоконфесійним некрополем, пов’язаним з історією Києва. Він став частиною світової історії восени 1941 р., коли німецькі війська використовували Бабин Яр як місце масових розстрілів.
19 вересня 1941-го війська Вермахту увійшли до Києва. За кілька днів вибухнули будівлі у Київській цитаделі та на Хрещатику. Вибухи стали зручним приводом для окупантів провести показову каральну акцію. У підривах звинуватили євреїв. Насправді ж організаторами цих вибухів були радянські диверсанти. Перші арешти і розстріли відбулися вже 27 вересня. 28-го в Києві з’явилися оголошення з текстом українською, російською і німецькою мовами: «Всі євреї міста Києва і його околиць повинні з’явитися в понеділок 29 вересня 1941 року до 8 години ранку на ріг Мельникової і Дегтярівської вулиць (біля кладовища). Взяти з собою документи, гроші, цінні речі, а також теплий одяг, білизну тощо. Хто з євреїв не виконає цього розпорядження і буде знайдений в іншому місці, буде розстріляний. Хто з громадян проникне в залишені квартири і привласнить собі речі, буде розстріляний».
Разом із Вермахтом у місто увійшли айнзатцгрупи СД. На них покладалося очищення армійських тилів від «небезпечних елементів» та придушення будь-якого опору. В Києві діяла айнзатцгрупа С, зокрема, зондеркоманда 4а. Разом із ними прибув штаб головнокомандувача СС і поліції «Росія-Південь», два батальйони зі складу поліцейську полку «Південь». Згодом у Києві з’явилася айнзатцкоманда 5. Саме ці підрозділи СС та поліції здійснювали масові розстріли євреїв у Бабиному Яру.
«Дорога смерті», якою пройшли десятки тисяч євреїв 29 вересня 1941 року, пролягала від Лук’янівської площі по вул. Мельникова до перших воріт Єврейського кладовища, далі – на вул. Кагатну (нині – сім’ї Хохлових), потім по вул. Табірній (нині – Дорогожицькій). Біля входу до Братського кладовища, біля протитанкового рову, загородженого «їжаками», була поставлена «застава», за якою розгорнута похідна канцелярія. Почергово від натовпу відділяли 30-40 осіб і під конвоєм вели «реєструватися». У людей відбирали всі документи і цінності. Документи в поспіху кидали в мішки а то і просто на землю, де вони лежали товстим шаром. роздягатися догола та спускатися до яру, де клали долілиць, шар за шаром, а вздовж рядів ішли німецькі поліцейські й вбивали їх пострілами в потилицю. (За іншими даними, на протилежному боці яру на спеціально обладнаній дерев’яній платформі сидів кулеметник). Розстріл відбувався на майже півкілометровому відтинку яру, який починався біля пам’ятника 1976 р., а закінчувався за теперішньою станцією метро «Дорогожичі».
Того дня, 29 вересня, німці встигли до 18.00 розстріляти близько 22 тисяч. Інших приречених загнали на ніч у порожні гаражі на вул. Табірній (сучасна Дорогожицька) і вбили наступного дня. Потім німецькі сапери підірвали схили, щоб засипати тіла, і змусили військовополонених вирівняти дно яру.
За два дні (29-30 вересня) загинула 33 771 особа. У «Донесенні про події в СРСР» від 02.10.1941 сказано: «Зондеркоманда 4а в співпраці зі штабом групи і двома командами поліційного полку «Південь» 29 і 30.9.41 стратила в Києві 33 771 єврея». Про продовження розстрілів свідчать німецькі документи. Так, приміром, у «Донесенні про події в СРСР» № 111 від 12.10.1941 говориться наступне: «Загальне число страчених зондеркомандою 4а тепер перевищило 51 000». Згідно з німецькими документами розстріли в Києві безперервно продовжувалися до середини листопада 1941-го. Основну масу розстріляних у цей період становили євреї.
Ці розстріли увійшли в історію як символ Голокосту – масового знищення євреїв нацистами в роки Другої світової війни.
