Зрозумівши, що у Києві не втриматися, німці почали ховати сліди скоєних ними злочинів.
18 серпня 1943-го до Сирецького табору прибула група в’язнів із Полтави, яких розмістили в спеціальних землянках у самому яру. Наступного ранку до них приєднали 100 ув’язнених євреїв із табору. Загалом у команді смертників працювало 327 осіб. Чоловіків закували в ножні кайдани та змусили викопувати трупи на місці колишніх масових розстрілів, а також будувати печі із огорожі Лук’янівського і надгробків Єврейського кладовищ. Тіла та дрова складали в печі штабелями. Потім усе спалювали. В одній такій печі за раз знищували до 2000 тіл.
Двічі на тиждень нацисти привозили у Бабин Яр у машинах-«душогубках» в’язнів із тюрми СД. Цих людей після вбивства також спалювали у «печах». Всі ці «роботи» в Бабиному яру відбувалися таємно. Територія була оголошена забороненою зоною, обгороджена й засаджена деревами, але сморід і дим розносилися по Києву далеко за межами яру.
Штандартненфюрер Пауль Блобель, який керував стратами у Києві в 1941-му, наглядав і за спаленням останків жертв у 1943-му. Про це він засвідчив на Нюрнберзькому процесі 1947 року: «Під час мого візиту в серпні я особисто спостерігав за спаленням тіл у загальній могилі під Києвом. Могила була близько 55 м довжиною, 3 м шириною і 2,5 м глибиною. Після того, як верхній шар був знятий, трупи облили горючим матеріалом і підпалили. Пройшло близько двох днів, поки могили згоріли до дна. Я особисто пересвідчився, що прогоріло все до самого дна. Після цього могила була засипана, і так майже всі сліди були заметені».
До кінця вересня майже всі тіла розстріляних були спалені, а в’язні заклали останню піч – для себе. У ніч на 29 вересня 1943 р. у таборі підняли повстання зайняті на роботах біля «печей» 329 в’язнів–смертників, із яких врятувалися 18 осіб, інші 311 – були розстріляні. В’язні, яким вдалося врятуватись, згодом виступили свідками під час розслідування нацистських злочинів. Саме їхні свідчення дали можливість відтворити історію знищення тіл у Бабиному Яру.
