Музей буде розміщено в історичній будівлі по вул. Мельникова, 44, в якій колись була контора Єврейського кладовища. Ця будівля була свідком вбивства більш ніж ста тисяч осіб упродовж двох років нацистської окупації Києва у 1941–1943 рр.
Рішення про використання будівлі колишньої контори кладовища обґрунтоване тим, що визначення місця для будівництва Музею – це окреме й делікатне питання. Оскільки майже вся територія заповідника – це суцільна територія вбивств і поховань, то розміщення Музею в будові, яка під час війни була неподалік від місця подій, але не входила ні в зону розстрілів, ні в зону поховань на Єврейському кладовищі, є майже безальтернативним.
Аерофотозйомка показує, що орієнтовні відстані від будівлі до найближчих поховань сягають не менше ніж 40–50 м.
Наразі будівля перебуває в занедбаному стані та потребує капітального ремонту. Певні роботи з її відновлення та реконструкції вже розпочаті: є ескізний проект використання будівлі та попередні ескізи реконструйованих приміщень майбутнього Музею.
У 2017 р. на реконструкцію будівлі було виділено перші кошти з державного бюджету, і почалася підготовка реставраційних робіт.
Музей буде розміщено в історичній будівлі по вул. Мельникова, 44, в якій колись була контора Єврейського кладовища. Ця будівля була свідком вбивства більш ніж ста тисяч осіб упродовж двох років нацистської окупації Києва у 1941–1943 рр.
